ولد في السودان لأب مصري من قرية النحارية (محمد نجيب) وأم مصرية من المحلة الكبرى بمحافظة الغربية وإسمه كاملا: محمد نجيب يوسف عباس القشلان. هناك ظهرت وطنيته أثناء دراسته الابتدائية، إذ دخل في نقاش مع أحد مدرسيه الإنجليز حول من يحكم مصر، فحكم عليه الأستاذ الإنجليزي بالجلد، وفعلا تم تطبيق الحكم. اضطر محمد نجيب للعمل بعد وفاة والده ليعول نفسه وعائلته، ثم قرر الالتحاق بالكلية الحربية ، وعمل في ذات الكتيبة المصرية التي كان يعمل بها والده في السودان.اكتشف بعدها أنه لا يعدو كونه خادماً مطيعاً لأوامر الاحتلال البريطاني، ولذا آل على نفسه أن يكمل دراسته بمجهوده الفردي حتى حصل على البكالوريا. حاول الخروج من حياته العسكرية بالتحاقة بمدرسة البوليس، وفيها تعلم القانون واحتك بمختلف فئات الشعب المصري، لكنه قرر العودة إلى صفوف الجيش مرة أخرى.عاد بعدها إلى السودان، وهناك عمد إلى دراسة العلاقة ما بين مصر والسودان، وألف كتاباً تناول فيه مشكلات السودان وعلاقتها بمصر.تم نقله بعدها إلى الحرس الملكي، وحصل بعدها على ليسانس الحقوق، ثم تزوج بعدها وانجب ثلاثة أبناء فاروق سجن ثم خرج فمات حزينا على أبيه و علي قتل بطريقة غامضة في الخارج ويوسف يعمل كسائق تاكسي بالإسكندرية. .
كانت مصر تحت حكم الملك فاروق الأول ، ثم جاءت حرب/نكبة فلسطين في عام 1948 ودار فيها ما دار من خيانات وتقاذف المسؤولية عنها، المحتل البريطاني تارة والأحزاب السياسية تارة أخرى.[بحاجة لمصدر] شارك محمد نجيب في حرب فلسطين وأصيب فيها ثلاث مرات وحصل على رتبة لواء أركان حرب ومنح لقب البكوية لما أبلاه في هذه الحرب الذي أصيب بها.عاد ضباط الجيش المصري بعد هذه النكبة مصدومين من كم الخيانات الصادرة من المحتل، فعزموا على القيام بتغيير سياسي، وشاركوا اللواء أركان حرب محمد نجيب أفكارهم ونواياهم فوافقهم وشاركهم العمل "لتخليص مصر من الاحتلال ولتحكم مصر نفسها بنفسها". وكان يرعي وقتها تنظيم الضباط الأحرار، وتحدي الملك فاروق و فاز في انتخابات رئاسة نادي الضباط رغما عن الملك الذي شعر وقتها أن الجيش أخذ يتحداه.
كانت مصر بعد حريق القاهرة في يناير 1952 تمر بفترة قلاقل سياسية متعاقبة، وكان المصريون يتطلعون للتغيير. نتيجة للشعبية التي نالها محمد نجيب وسط الضباط الأحرار. مما جعل الملك فاروق يرشحه ليكون وزيراً للحربية قبل أيام من اندلاع ثورة 23 يوليو 1952.
بعد نجاح الانقلاب رأي محمد نجيب أن يعود الجيش إلى ثكناته، وأن تعود الحياة النيابية لسابق عهدها و هو ما أشعل الخلاف داخل مجلس قيادة الثورة لخوف الضباط من سيطرة حزب الوفد و جماعة الإخوان على السلطة و عودة الأمور لسابق عهدها.
في نوفمبر 1954، قرر مجلس قيادة الثورة عزل محمد نجيب من رئاسة الجمهورية لأول مرة مما أثار سلاح الفرسان و طوائف عريضة من الشعب وطالبوا بعودته . فعاد ثانية بعد إسبوع من عزله.
وضع محمد نجيب تحت الإقامة الجبرية في قصر في ضاحية المرج المنعزلة وقتها، مع منعه تماماً من الخروج أو من مقابلة أياً من كان، حتى عائلته ، وأثناء نكسة1967 ارسل برقية للرئيس جمال عبد الناصر يطلب منه السماح له بالخروج في صفوف الجيش الا انه لم يتلق اى رد منه. وظل علي هذا الحال إلي أن أفرج عنه السادات بعد حرب 1973.ورغم هذا ظل السادات يتجاهله تماما.