كثيرا ما يحدث خلط بين الدولة الدينية وبين المرجعية السلامية
اولا: من وجهة نظرى ان الدولة الدينية هى الدولة التى يحكم فيها رجال الدين سواء كانوا مسلميت او مسيحيين او حتى يهود
ويكون الحكم فيها لغير اهل الاختصاصوفيها تحل النصوص الدينية مكان القوانين التى تراعى مصالح الناس
ويكون فيها القئمون على الحكم كلهم رجال دين بغض النظر عن مجال الاختصاص
وتكون السلطة العليا فيها لرجال الدين
اما المرجعية فهى مجموعة القيم التى تحكم تصرفات الفرد او المجتمع
فمثلا مرجعية مصر فى نظرى من الناحية الشرعية هى مرجعية اسلامية تراعر عدم تعارض القولنين الحاكمة مع القواعد الاساسية للدين الاسلامى
ومرجعية القضاء المصرى مثلا للدستور والقانون
ومرجعية الوزراء تعود للخطط العامة للوزارة
ومرجعية واضعوا المناهج التعليمية هى الاطار العم للاهداف العامة للوزارة
ومن هنا فان كلمة حكومة ذات مرجعية دينية ليس معناه دولة تحكم باسم الدين ولكن دولة مدنية لاتتعارض قوانينها ولا انشطتها مع طبيعة الدين الاسلامى